Efter att ha samlat ihop Clow-korten och använt magi för att tillägna sig dem, börjar Sakura sitt första år i mellanstadiet. Där hittar hon sin vän Syaoran som hade återvänt till Hong Kong. Men en natt händer något hemskt med hans kort! En serie märkliga händelser inträffar i staden Tomoeda som får Sakura att följa nyckeln hon såg i sin dröm. Det är då.