I säsong 13 blir det personligt när en av teamets egna hamnar i ett gisslandrama, nytt bevismaterial sätter enhetens slutsatser på prov, och ett hot från förr gör teamet och dess allierade till måltavlor. Specialagent Leroy Jethro Gibbs vet att han kan lita på sitt erfarna team när det gäller att ta hand om kriser som påverkar den amerikanska säkerheten.