Huvudpersonen in Guds stad är inte en person det är en plats. Guds stad är resultatet av ett bostadsprojekt, som satte i gång under 1960-talet. I början av 1980-talet hade området utvecklats till en av Rio de Janeiros farligaste platser.

För att berätta historien om en plats, följer Guds stad ett flertal personer och deras livsöden. Allt ses genom vår berättare, Buscapés, ögon. Buscapé är en fattig svart kille, för rädd och vek för gangsterlivet och för intelligent för att nöja sig med ett underbetalt jobb.

Buscapé växer upp i en otroligt våldsam miljö och han har alla odds emot sig. Han upptäcker dock att han kan se på verkligheten på ett annat sätt, med ett annat öga - artistens. Han växer upp till att bli professionell fotograf, vilket blir hans räddning.