Naruto är tillbaka efter tre års träning med Jiraiya. Han hittar sina kamrater från Ninja Academy samt sina lärare i Konoha. Alla har utvecklats, inklusive ninjorna i Suna Village. Endast Kakashi verkar ha förblivit trogen sig själv. Tyvärr är återföreningen kortvarig. Gaara, som har blivit kazekage i sin by, är hotad.