Franciskanerklostret i Horsens blev ophævet i 1532. Klosterbygningerne forsvandt i løbet af 1500-tallet, mens kirken blev taget i brug som sognekirke.

I samarbejde med Horsens Museum gennemførte Afdelingen for Middelalderarkæologi ved Aarhus Universitet i årene 1999-2001 en række arkæologiske udgravninger ved Klosterkirken. Takket være undersøgelserne og i kombination med nogle mindre udgravninger er det nu muligt at give et ganske godt billede af det ellers helt forsvundne kloster. 

Tre fløje har sammen med kirken dannet en lukket gård omgivet af en korsgang på kirkens sydside. Ud fra sydfløjen var der en udløberfløj ned mod havnen ved Horsens Å. 

Udgravningerne blev ledet af Hans Krongaard Kristensen nu lektor emeritus ved Aarhus Universitet, der her fremlægger resultaterne.