Återvänd ännu en gång till Gamindustris värld, där den fria världens brottsling Arfoire har besegrat Gamindustris fyra CPU:er. Det är nu upp till deras yngre systrar att befria dem från fångenskap.Nepgear, Planeptunus CPU-kandidat och lillasyster till Neptunus, ger sig ut på sin resa med IF och Compato för att återfå Gamindustris välstånd, stoppa det ondskans syndikat som Arfoire skapade och befria sin syster! Under sina resor över världen kommer Nepgear att träffa nya och gamla vänner, möta de andra CPU-kandidaterna och ta hand om alla monster som står i hennes väg i denna klassiska JRPG-berättelse om gott mot ont!