Historien starter med å utforske den unge Beatrice sitt liv, hennes dramatiske flukt og kampen for å beskytte familien arv og skjulte hemmeligheter. I byen Blois i 1685, i deres kamp for å overleve forfølgelsen av huggenottenes religiøse tro i Frankrike, har Beatrice sin far planer om å gifte bort datteren til den mye eldre Victor Pierre. Beatrice brakte med seg hugenottkorset og liljeoppskriftenes religiøse tråder av hugenottblod inn i den velstående rikmannsslekten Charniqe. Madonnaliljen tar leserne med på en historisk reise der familiens etterkommere flere hundre år senere i stor grad knyttes til den samme skjebnen.
Midt i studentlivet i København får Sophia vite at hennes kjære mor Ellinor som hun har et veldig nært bånd til, er
døende. På nattbordet har Ellinor etterlatt seg et brev, dermed åpner det seg en helt ny epoke som tvinger Sophia
til å reise til Frankrike der hennes biologiske mor angivelig er nonne. Tilfeldigheter g jør at hun stifter bekjentskap med den sjarmerende Arthur som etterhvert leder henne til den mest velstående vinprodusenten Jean Leopold Charniqe i Loire - distriktet. Vel fremme på Catherina klosteret oppdager Sophia at ikke alt er som det skal. Her skjuler det seg mellommenneskelige forhold som knyttes til den religiøse hugenottbevegelsen og dens mystisisme.