Efter att ha kommit i kontakt med ett mystiskt kemiskt ämne förvandlas fyra sköldpaddor som lever i New Yorks avlopp till gigantiska sköldpaddor. Utbildad av en klok gammal råtta, Leonardo, Michaelangelo, Donatello, Raphael, som också är pizzaälskare, lär sig ninjakrigares tekniker för att möta den fruktansvärda rivaren vars uttalade mål är att förslava världen...