Malika Kaddour föds i Algeriet men flyttar i unga år till Nederländerna. När hon är 21 år gifter hon sig med Hamid som liksom hon själv är flykting från ett muslimskt land. Malika föder två döttrar. Äktenskapet börjar knaka i fogarna och Malika beslutar sig för att lämna Hamid. Hon vill inte neka honom umgängesrätt med barnen men en dag är döttrarna borta och Malikas värsta mardröm har besannats: Hamid har kidnappat barnen och fört dem ut ur landet.

Stulna döttrar handlar om en kvinnas modiga kamp för sina barn. En kamp som i det här fallet blir lyckosam. Efter en dramatisk flykt till Libanon från Syrien tar sig döttrarna så småningom tillbaka till Nederländerna.