Peter Parker är en utstött high school student som blev övergiven av sina föräldrar som liten, och uppfostrad av sin farbror Ben och faster May. Som de flesta tonåringar försöker Peter att komma underfund med vem han är och hur han blev den han är idag.

Peter blir också förälskad för första gången, i skolkamraten Gwen Stacy, och tillsammans kämpar de med kärleken, förpliktelser och hemligheter. När Peter upptäcker en mystisk väska som har tillhört hans pappa, så påbörjas ett sökande efter att förstå sig på hans pappas försvinnande och det leder honom till ett laboratorium på Oscorp och Dr. Curt Connor, hans pappas forna kompanjon. När Spider-Man kolliderar med Connors alter ego, The Lizard, måste Peter göra livsavgörande val och använda sina krafter för att skapa sitt eget öde och bli en hjälte.