Vigand Bagge, distriktslæge i Thyregod i de første årtier af 1900-tallet, er dødeligt syg, men fortsætter sit liv, som om intet er i vejen. Om natten kan han ikke sove og sidder oppe og laver enten anagrammer eller skriver om hverdag og fortid og ægteskabet med Lilly, hvis dagbogsoptegnelser vi kender fra Ida Jessens En ny tid, hvori Lilly kredsede om den gådefulde ægtemand. Men bliver vi klogere på ham nu, hvor han selv har ordet?
Doktor Bagges anagrammer er en ægteskabshistorie og et psykologisk portræt.