Handlingen i Fate Seeker II berättar historien om Zhuge Yu, en upprorisk ungdom, vars orubbliga beslutsamhet leder honom genom utmanande vägar av tillväxt och uppror. Zhuge Yu förlorade sina föräldrar när han var ung. Den sorgliga förlusten av hans familj gör att hans hjärta brinner av en stark känsla för rättvisa. Inspirerad av sina föräldrars mod mot korruption, lovar han att låta skurkarna betala för vad de gjort. För att hedra sina förfäders goda gärningar är Zhuge Yu fast besluten att rensa landet från korruption och konfrontera oärliga tjänstemän.