Maghnia- gåtan är del 2 i berättelsen om elvaåriga Maghnia och hennes mamma Rachida. Vi följer flickan som har växt upp utan fadern, Brahmin, som försvann under de blodiga strider som rasade i Algeriet under 1990-talet. Maghnias mamma lämnar henne på ett hem för föräldralösa flickor och ger sig av för att söka sanningen om vad som hänt maken. I den första boken, Maghnia - sökandet, får följer vi Maghnias liv på hemmet och Rachidas efterforskningar som leder till att också hon försvinner spårlöst. I den andra delen Maghnia - gåtan, får Maghnia som alltid levt i väntan på och längtan efter sin pappa nu också vänta på och längta efter sin försvunna mamma. På flickhemmet får hon nya vänner och när flickorna utforskar en grotta upptäcker de underliga saker som ytterst har sin grund i de våldsamma och oroliga åren på nittiotalet. I en miljö där tystnaden är lag är det emellertid inte lätt att söka sanningen, och frågor som är obekväma förblir ofta obesvarade. Ska Maghnias väntan och längtan få ett slut, eller kommer hon att tvingas fortsätta leva i en plågsam ovisshet?