I en avlägsen framtid upptäcker mänskligheten ett hormon i människans hjärna som låser upp mentala krafter, som förändrar världen så som vi känner till den. I takt med att mänskligheten utforskar dessa nyfunna förmågor så faller förvrängda mutanter (”Others”) ned från himlen med en aptit på människohjärnor. Mutanterna tar inte skada av vanliga attacker och vapen, det behövs extrema åtgärder för att stoppa hotet och rädda mänskligheten. Människor med psykokinetiska förmågor, så kallade Psionics, är vår enda chans att bekämpa hotet från ovan. Mänsklighetens sista försvarslinje, OSF (Other Supression Force), har sedan dess sökt upp och rekryterat Psionics, för att en gång för alla sätta stop för hotet.

I SCARLET NEXUS finns det två berättelser. Du kan börja äventyret antingen som Yuito Sumeragi, en energisk rekryt från en fin politisk familj, eller Kasane Randall, en mystisk spejare vars skicklighet gjort honom berömd inom OSF. Spela igenom bådas berättelser och upplev hur de vävs samman i denna Brain Punk-framtid där teknik möts av psykokinetiska förmågor.