För Laytons är att lösa pussel en familjeangelägenhet! Professor Hershel Layton har försvunnit, och därför är det hans dotter Katrielle, en intelligent och pigg ung tjej med talang att upptäcka sanningen även när ledtrådarna är tunna, som befinner sig i centrum, Elle åtföljs i sina äventyr av en skådespelare av färgstarka karaktärer, inklusive Oliver Marchence, en ung student som fungerar som hennes assistent, och Sherl, en talande hund som börjar som Katrielles första kund innan hon snabbt blev hennes trogna följeslagare.