I januari 2020 befinner sig den unga läkaren Hua Yan i Peking. Hennes föräldrar, även de läkare, är kvar i hemstaden Wuhan där ett nytt virus har börjat få spridning. Kvällen innan Wuhan sätts i karantän bestämmer sig Hua Yan för att resa hem och göra vad hon kan för att undsätta de som insjuknat och bromsa epidemins utveckling. I fyra sammanflätade delar skildras tre familjers öden åren före och veckorna kring virusutbrottet. Anteckningar från råttans år är en berättelse om det Kina som vuxit fram under de senaste decennierna, om viljan att skapa ett bättre liv för sig själv och sina barn, men också om priset för att nå det målet genom att exploatera våra gemensamma resurser och rubba naturens ordning.