Under reformationstiden i Danmark var medicin og naturfilosofi - det vi i dag forstår som naturvidenskab - en integreret del af den overordnede religiøse verdensopfattelse.
Fag som fysik, astronomi og anatomi havde som ultimativt mål at bidrage til oplysning om Guds skaberværk og derigennem indprente beskueren en erkendelse og accept af Guds almagt og forsyn. Det indbyrdes forhold mellem religion og videnskab var dog konstant til debat, og den nåede et højdepunkt efter år 1600 med den lutherske ortodoksi.
De ortodokse fastholdt at naturen var som en bog hvori man kunne læse om Gud. Men samtidig så de med forstærket skepsis på naturfilosofi og lægevidenskab som kilde til en højere erkendelse, for de frygtede at teologiens autoritet ikke ville forblive uantastet. Man isolerede derfor teologien fra de øvrige videnskaber og skærpede kravet om at fornuften skulle være under troens lydighed, som lægen og teologen Caspar Bartholin formulerede det.
Som det påpeges i bogen, blev følgen af det skel der hermed blev sat, at medicin og naturfilosofi - ganske utilsigtet - kunne udvikle sig i retning af en moderne, ikke-religiøs videnskab om naturen og mennesket.