I familjen Layton är det en del av familjen att lösa pussel! Professor Hershel Layton har försvunnit, och därför intar hans dotter Katrielle, en ljus och livlig ung kvinna med en förmåga att avslöja sanningen även när ledtrådarna är magra, sin plats. Med sig på hennes äventyr får hon sällskap av färgstarka karaktärer, inklusive Oliver Marchence, en ung student som fungerar som hennes assistent, och Sherl, en talande hund som börjar som Katrielles första klient och snabbt blir hennes lojala följeslagare.