Team NINJAs mest ikoniska karaktär är redo att avmaskas för världen. En av de mest kända dödsmaskinerna, Ryu Hayabusa, namn och arv ekar hos människor över hela världen. Ändå finns det så mycket som världen inte vet om den mystiska mannen bakom ninja-masken. Ninja Gaiden 3 syftar till att ta spelare på en resa med sin hjälte Hayabusa ännu en gång, men den här gången kommer de att se mer av honom.