Från toppen av Megacity S1-9 styr den suveräne Khan med järn- och köttnävar. Under stadens ruttnande fundament påbörjar en hämndlysten krigare en resa för att mörda honom. 5 år före händelserna i Slave Zero, ger Slave Zero X nytt liv till en värld där fruktansvärda, levande maskiner kända som Slaves är redo att bli de senaste krigsverktygen i mänsklighetens långa och blodiga historia. Ett hemligt band av krigare kända som The Guardians hoppas kunna förhindra att dessa biomekaniska varelser släpps lös över världen, men en svärdsman bland deras led har en annan idé: att använda fiendens eget vapen mot dem. Genom att smälta samman med en stulen Slave Unit Prototype kommer Shou att bli en rasande Djävul i jakten på att döda en falsk Gud.