Året är 1823 och det har nu gått två år sedan Nisse flyttade hem till Tomtefar efter den första lyckade julklappsutdelningen. I den ståtliga villan ute i Brunnsskogen fortsätter den nya traditionen med handgjorda leksaker till stadens alla barn. Men en oro vilar över Brunnsvillan. Efter den andra julklapps­utdelningen fick Tomtefar höra att Ronnebyborna var på jakt efter den mystiska leksakstillverkaren. Med hjälp av sin inre kraft lade Tomtefar en osynlighetsbarriär över Brunnsvillan. På så vis kan han och Nisse få fortsätta med sina liv, utan att vara jagade av de giriga människorna. Efter att Tomtefar förbjudit Nisse att vistas inne i staden, kan Nisse inte hjälpa att känna sig ensam. Han längtar efter en vän. Efter Klara. En tidig decembermorgon bestämmer sig Nisse för att berätta för Tomtefar hur han känner. När han har samlat mod till sig går allting fruktansvärt fel. Plötsligt befinner sig Nisse i den farliga skogen, och det krävs mer än en gnutta hopp för att han ska hitta hem genom vintermörkret. Nisse och Brunnsskogens hemlighet är uppföljaren till Den Första Nissen. Glädjen av att få, kan väcka en tanke på att ge.