Ingen tvingas att gå med i en sekt. Den välkomnar dig. Den förstår dig. Den omsluter dig tills orden blir mer än sanning - de gör dig hel. I slutet av 1970-talet leder de karismatiska Isaac och Rebecca Walker Collective Justice Mission. De stämplas som radikala och känner sig förföljda av den amerikanska regeringen och flyttar sina anhängare till den enda plats där de tror att de kan skapa en socialistisk utopi: Sydamerikas djungler. Där bygger de Freedom Town. Men släktingar som lämnats kvar i USA blir oroliga: vad är det egentligen som pågår på denna djungelanläggning? The Church in the Darkness kombinerar en unik berättelse med ett tight top-down action-infiltrationsspel i en öppen miljö.

Som Vic, en före detta polis, reser du till Sydamerika för att ta dig in i Freedom Town och titta till din brorson Alex. Spela hur du vill - du kan undvika upptäckt helt och hållet, ta dig an vakterna med icke-dödliga metoder eller döda alla som kommer i din väg. Men du måste leva med konsekvenserna av dessa val. Varje genomspelning erbjuder unika spelscenarier och berättelseelement, med olika karaktärspersonligheter och en skiftande historia som berättas genom utredning och handling. Ta del av berättelsen genom stadens PA-system där predikanterna delar med sig av sina dogmer och övertygelser. Hitta dokument och brev utspridda i lägret som ger dig ledtrådar till Freedom Towns sanna natur.