Baldur's Gate II spelas, precis som sin föregångare, ur ett isometriskt perspektiv. Spelaren skapar en huvudkaraktär genom en serie konfigurationspaneler, eller så kan karaktären från den ursprungliga Baldur's Gate importeras. Ytterligare karaktärer kan sedan rekryteras från spelvärlden, även om den totala partystorleken är begränsad till sex. Var och en av dessa rekryterade NPC:er har programmerat beteende som kan leda till diskussioner med huvudpersonen eller de andra medlemmarna i partiet. Spelare kan, genom att utnyttja spelets flerspelarfunktion, skapa mer än en karaktär för en fest. Dessa extra karaktärer kommer dock bara att utföra en ytlig nivå av interaktion.

Under spelets gång kommer de beslut som spelaren fattar att påverka karaktärens utveckling och resten av sällskapet. Till exempel, tidigt i spelet måste spelaren bestämma sig för om han vill alliera sig med skuggtjuvarna som leds av Aran Linvail vid tyglarna, eller med vampyrerna och deras ledare, Bodhi. Potentiella dueller, käbbel, romantik och uppdrag kan alla resultera beroende på vem som får vara med på festen och vem som avvisas.

Istället för att kräva ett exklusivt fokus på strid, fokuserar Shadows of Amn, ungefär som den första delen, på interaktion med världen. Sålunda, vid en punkt i spelet, kan spelaren förvärva och "hantera" ett fäste, vars form beror på valet av deras karaktärsklass i början av spelet. Till exempel, som en fighterklass, kan spelaren framgångsrikt slutföra uppdraget i de'Arnise Hold och börja ta över fästet. På samma sätt kan en magiker ta över en magisk Planar Sphere, medan en tjuvkaraktär kan välja att styra den andra grenen av tjuvskrået i Docks-distriktet. Ändå kan en spelare fortfarande välja att gå vidare genom spelet främst genom strid; spelet tillåter attackerande stadsbor, köpmän och vakter.